Los alimentos funcionales aparecen en Asia, específicamente en el año 1000 (a.C) en China, donde, tradicionalmente, ha habido una larga tradición de atribuir propiedades curativas o terapéuticas a ciertos tipos de alimentos. Inicialmente, estas tradiciones se transmitieron oralmente sin el apoyo de un estudio científico paralelo.
Con el tiempo, aparece el término «alimento medicinal» (utilizado con fines médicos) que comienza a utilizarse con frecuencia en la literatura de la Dinastía alrededor del año 100 aC, y otro término muy similar, «alimentos especiales», aparece en obras médicas en la Canción Dinastía alrededor del año 1000 de nuestra era.
Alimentos funcionales «en la era moderna, tenemos que mirar a otro país asiático: Japón. Este país, después de la segunda guerra mundial, redujo en la población, después del conflicto, una serie de alimentos con ciertas características que, además de nutrir mejoran en gran medida su precario estado de salud.
Los alimentos funcionales tanto en Europa, como en América del Norte, y los primeros estudios en el área de la nutrición, se basaron en las enfermedades deficitarias de nutrientes, por lo que no hubo un interés especial para este tipo de alimentos. Más tarde, a mediados de los 80 e influenciado por la investigación y los estudios realizados por los japoneses, ciertos países europeos comienzan a mostrar interés en esta nueva área de nutrición. Precisamente en este momento, se crea un proyecto coordinado por el ILSI (International Life Sciences Institute) donde se pretende estudiar todo lo relacionado con este tipo de alimentos funcionales.
En abril de 1996 se celebró en Francia la «Primera Conferencia Internacional sobre Perspectivas Este-Oeste de Alimentos Funcionales«, en la que se discutió el estado actual de la ciencia de los alimentos funcionales.
La segunda reunión plenaria tuvo lugar en Helsinki en julio de 1997 y la tercera en Madrid a fines de 1998. Finalmente, no fue sino hasta 1999 cuando se redactó el primer documento de consenso sobre conceptos científicos relacionados con los alimentos funcionales. Actualmente, la investigación continúa con los alimentos funcionales para obtener más información sobre ellos, sus propiedades y sus efectos positivos sobre las funciones fisiológicas del cuerpo humano.