La cepa bacteriana es una colonia de bacterias (PURE). Lo que significa que todas las células son de la misma especie, y es necesario transferir una pequeña colonia varias veces a sus características físicas (forma de colonia, color, tamaño, etc.). Las cepas se pueden mantener en cultivos de agar en placas de Petri, en medio líquido o criopreservadas (congeladas).
La colonia microbiana de un solo germen obtenido de un paciente, y multiplicado por pases sucesivos en diferentes medios de cultivo. La cepa bacteriana se basa en la determinación genotípicas o fenotípicas características de este, y su comparación enmarca los diferentes taxones de su clasificación considerada. Su determinación y número dependerá principalmente del tipo de bacteria y del propósito perseguido en la identificación.
Desde una perspectiva biológica (biotipo). La identificación de una cepa bacteriana se basa en que:
Obtenga un cultivo puro, examen microscópico de células vivas y frotis teñidos con tinción de Gram, realice pruebas primarias, realice pruebas secundarias y terciarias para llegar a la especie.
Las bacterias tienden a mutar o cambiar rápidamente, y dentro de la misma especie puede encontrar varios grupos con diferentes características, como resistencia a los medicamentos, resistencia a los cambios de temperatura, etc.
Y a estos grupos los microbiólogos los han llamado cepas. Por esta razón, es muy común escuchar decir, por ejemplo: que han detectado una cepa de Escherichia coli que causa problemas de salud, y si investigas un poco sobre esta especie, descubrirás que es una bacteria que forma parte de nuestro intestino la flora, en otras palabras, vive dentro de nuestro cuerpo sin causarnos daño.